Con Clemente, 150 d.C., si assiste ad una svolta nel rapporto tra cristianesimo e filosofia, egli infatti istituisce una scuola cristiana all’interno della quale lo studio della filosofia era inserito nel programma. Egli distingue il compito svolto dalla filosofia prima della rivelazione e quello che può svolgere dopo la rivelazione. Epicuro e gli stessi atei pagani avevano seminato dubbi, sulle contraddizioni esistenti riguardo alla religione tradizionale, si erano limitati alla parte disitruttiva, però avevano gettato le basi per arrivare alla verità.
Per quanto riguarda le convergenze dottrinali tra le filosofie pagane e il cristianesimo, egli a volte si rifà alla dottrina del plagio dei filosofi introdotta da Filone, altre volte invece si rifà a Giustino e ammette la presenza in minima parte del logos divino all’interno della ragione umana che li ha condotti a volte, magari loro malgrado, ad ammettere un Dio unico. Il rifiuto totale della filosofia poteva comportare un rifiuto del cristianesimo presso quelle classi colte, soprattutto orientali, strettamente legate alla filosofia, infatti se la salvezza era in Cristo che cosa ne era stato di tutte le generazioni prima di Cristo? Bisognava allora ammettere che una tradizione filosofica precristiana doveva essere esistita nel paganesimo. Il cristianesimo doveva quindi porsi non come negazione della filosofia, bensì come compimento di quanto di meglio era apparso nella filosofia pagana.
Clemente identifica la fede con l’assenso stoico, essa è quindi superiore alla rappresentazione che ci fornisce i contenuti del sapere. Riprendendo una dottrina aristotelica secondo cui procedendo a ritroso con dimostrazioni e premesse bisogna prima o poi arrivare a premesse non dimostrabili, egli afferma che anche alla base della scienza c’è la fede.
Il Dio cristiano ha una caratteristica fondamentale che mancava a tutte le divinità pagane che nel migliore dei casi erano sapienti, esso è infatti maestro.
Anche dopo la rivelazione, tuttavia, per Clemente la filosofia poteva continuare ad avere un ruolo, ovvero quello di chiarire alcuni concetti su cui si basa la conoscenza del cristiano.